Avec de nombreuses civilisations occupant ses terres, il est prouvé que la Jordanie est habitée depuis 90 000 ans av.
La Jordanie a été occupée par des tribus nomades au cours de l'âge du bronze (3200-1950 av. J.-C.), qui est ensuite devenu un groupe de petits royaumes au cours de l'âge du fer. Les Ammon, Moab et Edom étaient les royaumes les plus remarquables qui composaient la Jordanie à cette époque. La capitale des Ammonites se trouvait à Rabbath Ammon (Amman moderne); les Moabites s'installèrent dans ce qu'on appelle maintenant Kerak (Kir de Moab); et les Edomites se sont installés dans le sud de la Jordanie à Bozrah (Buseira / Busayr de nos jours). Selon l’Ancien Testament, c’est l’ère de l’exode, au cours de laquelle Moïse a conduit les Israélites à travers l’Égypte et la Jordanie vers la «Terre promise».
Quelques centaines d'années plus tard, vint le règne des rois israélites David et Salomon. Le commerce a atteint un pic au cours de cet âge d'or, avec une augmentation des échanges et la construction de routes commerciales traversant les déserts de l'Arabie à l'Euphrate.
En raison de sa situation géographique centralisée, la Jordanie a changé de mains à plusieurs reprises, passant des Assyriens; aux Babyloniens; les Perses; et les séleucides (vers 330 av. J.-C.). Le conflit entre les Séleucides et les Ptolémées d’Égypte a permis aux Nabatéens de créer un royaume dans le sud-est de la Jordanie, prétendant que Petra était leur capitale, en bordure de l’empire romain. Pendant la période romaine, les villes de Décapolis ont été formées. Ceux-ci comprenaient Philadelphie (Amman actuel), Jerash et Gadara (Umm Qais actuel). La domination de l’Empire romain a laissé des vestiges exceptionnels qui font l’émerveillement de nos jours.
La Jordanie moderne est devenue une partie de l'empire omeyyade au début du 7ème siècle et au 8ème siècle, les Abbassides qui occupaient le pays ont déplacé leur capitale de Damas à Koufa, entraînant leur déclin. Certaines parties de la Jordanie tombèrent bientôt sous le règne de plusieurs puissances et empires, dont les Mongols, les Croisés, les Ayyoubides, les Mamelouks et les Ottomans.
Après la chute de l'empire ottoman à la fin de la Première Guerre mondiale, la Jordanie tomba sous le mandat britannique. En 1928, Abdullah Ier fonda la Transjordanie et la Grande-Bretagne accepta officiellement le roi Abdallah comme souverain de Jordanie.
La Transjordanie obtint la pleine indépendance le 25 mai 1946.
En 1953, le roi Hussein Ibn Talal est devenu monarque et la Jordanie avait l'une des sociétés les plus libérales du Moyen-Orient. En février 1999, le roi Hussein est décédé, laissant son fils aîné, le prince Abdullah II, au successeur du trône. Il reste roi à ce jour.